なるほど。
カスタム構造の場合は記事を特定するのに時間がかかりそうですね。

今、rewrite.php のソースを追ってみたのですが、

apply_filters(‘page_rewrite_rules’, $page_rewrite);

とか

apply_filters(‘url_to_postid’, $url);

とかあるので、
記事番号がわかっていてURLをきれいにしたい場合は
ここにフィルターをかけると
特定のページなら速度を早くできそうですね。

ページは自分から見て明らかに変でしたが記事に関しては、おそろしく動作速度が下がるような処理は現在見つかっていません。

記事に関してもカスタム構造を使うと、どれくらいかは分かりませんが、遅くなることは確かです。

この現象は「ページ」の場合だけでしょうか？